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Impact du polymorphisme génétique sur la résistance aux antifongiques de Candida parapsilosis : développement d'un modèle d'étude utilisant CRISPR-Cas9

Par : Hartuis, Sophie

Document archivé le : 04/01/2022

Candida parapsilosis est à la fois une levure commensale/saprophyte de la peau chez l'Homme et un pathogène opportuniste qui peut être responsable d'infections invasives dont la mortalité globale est de l'ordre de 20 à 40%. La description croissante d'épidémies clonales d'infections invasives en secteur hospitalier, impliquant notamment des souches de C. parapsilosis résistantes au fluconazole, est inquiétante et incite à une meilleure compréhension de la résistance aux antifongiques chez cette espèce. L'objectif de notre travail était de mettre en place un modèle d'étude de la résistance, utilisant la méthodologie d'édition du génome CRISPR-Cas9, permettant de mieux comprendre l'impact du polymorphisme génétique de C. parapsilosis sur le profil de sensibilité aux antifongiques. Huit mutations décrites dans la littérature chez des souches cliniques présentant une résistance acquise aux antifongiques, en particulier azolés, ont été sélectionnées pour ce projet (ERG11Y132F, ERG11K143R, ERG11R398I, TAC1G650E, TAC1L978W, MRR1G583R, MRR1K873N, ERG3G111R). Chacune de ces mutations a été introduite dans le génome de deux souches sensibles au fluconazole de C. parapsilosis (ATCC 22019, STZ5) en utilisant une méthode CRISPR-Cas9. La sensibilité in vitro des mutants vis-à-vis d'antifongiques a été réalisée par méthode Etest® (bioMérieux). L'impact sur la sensibilité au fluconazole est apparu très variable selon la mutation introduite. L'impact le plus important sur la sensibilité au fluconazole a été observé pour la mutation MRR1G583R. La mutation ERG3G111R semble affecter la réponse aux azolés, aux échinocandines et à l'amphotéricine B. Comme prévu chez une espèce diploïde, nous avons noté un impact du dosage allélique. Globalement, l'acquisition des mutations ERG11Y132F, ERG11K143R, TAC1L978W, MRR1G583R à l'état homozygote, suffit à conférer un phénotype de résistance in vitro et donc de prédire le risque d'échec thérapeutique in vivo. 21NANT049P