Septicémies à Candida spp : mise au point d'une technique d'extraction d'ADN de levures à partir de sang total et d'une PCR Candida en temps réel
Par : Miossec, Charline
Document archivé le : 13/12/2013
En présence de certains facteurs de risque, les levures du genre Candida peuvent être responsables de candidémies, infections au pronostic sombre. Majoritairement dues à C. albicans, les candidémies sont toutefois de plus en plus fréquemment causées par des espèces non-albicans parmi lesquelles C. krusei, C. glabrata, C. lusitaniae et C. parapsilosis, sont naturellement résistantes ou de sensibilité diminuée à certains antifongiques. Le diagnostic des candidémies repose essentiellement sur la réalisation d'hémocultures dont la sensibilité est insuffisante et le délai de positivité trop important au regard de l'enjeu que représente une prise en charge thérapeutique précoce, gage de meilleur pronostic. Les techniques de diagnostic indirect, peu nombreuses, ont des performances limitées et ne donnent pas d'information sur le profil de résistance intrinsèque de la levure en cause. Les techniques de biologie moléculaire ne sont pas encore utilisées en routine dans les laboratoires hospitaliers pour le diagnostic des candidémies, l'absence de standardisation des protocoles d'extraction et de PCR freinant leur application. Le premier objectif de ce travail était la mise au point d'un protocole standardisé d'extraction d'ADN de levures à partir de sang total. Le protocole développé, applicable en routine dans un laboratoire hospitalier, permet de concentrer l'ADN fongique et dispose d'un témoin interne d'extraction permettant de valider la technique pour chaque échantillon extrait. Le second objectif était la mise au point d'une PCR Candida en temps réel utilisant la technologie TaqMan®. La PCR développée amplifie les régions ITS1 et ITS2 de l'ADNr. Elle permet la détection de l'ADN de Candida spp. au sens large, à l'exception de C. krusei, C. glabrata et C. lusitaniae, espèces intéressantes pour leur profil de résistance intrinsèque aux antifongiques. La mise au point des PCR complémentaires fera l'objet de futurs travaux. L'ensemble de la procédure, extraction et PCR, permet la détection de 1 CFU/mL de sang artificiellement inoculé par C. albicans, résultat prometteur pour l'utilisation de la PCR en tant qu'outil de diagnostic précoce des candidémies.
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