Caractérisation des virus adéno-associés recombinants par séquençage haut débit : limites et perspectives
Par : Cogné, Benjamin
Document archivé le : 01/02/2016
La thérapie génique consiste à traiter des maladies en transférant des acides nucléiques. Ces nouveaux médicaments permettent d'envisager le traitement de maladies génétiques rares aujourd'hui incurables. Le système le plus efficace pour transférer des acides nucléiques consiste à utiliser des virus modifiés ou vecteurs viraux. Les vecteurs dérivés des virus adéno-associés (AAV) ont récemment prouvé leur efficacité clinique dans le traitement de l'hémophilie B ou encore de l'amaurose congénitale de Leber. L'utilisation de ces nouveaux médicaments implique toutefois de nouvelles problématiques de biosécurité, qui doivent être précisément étudiées avant leur utilisation à plus large échelle. Dans ce contexte, nous avons développé de nouvelles méthodes utilisant le séquençage haut débit (NGS) et des analyses bio-informatiques afin d'étudier deux aspects importants de la biosécurité des vecteurs AAV : (1) l'évaluation de leur génotoxicité en analysant les sites d'intégration génomique, (2) l'étude des contaminants ADN accidentellement encapsidés pendant la production de ces vecteurs et administrés aux patients (ex: gènes de résistance aux antibiotiques). Cette thèse présente les aspects techniques de préparation des échantillons pour le NGS (plateformes Illumina), les différentes problématiques inhérentes au NGS auxquelles nous nous sommes confrontés et les applications futures de cette technologie dans le domaine de la thérapie génique.
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