Développement d'une méthode de diagnostic moléculaire (PCR-TGGE) pour l'identification des champignons associés à la mucoviscidose

Par : Talarmin Jean-Philippe

Document archivé le : 25/01/2008

Les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose sont fréquemment colonisées par des champignons, qui sont parfois difficiles à identifier par les techniques mycologiques classiques. La méthode moléculaire de temporal temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), après amplification de la région Internal Transcribed Spacer (ITS) 1, a été développée afin de permettre la détection des espèces fongiques pouvant être présentes dans les expectorations de ces patients. La plupart des dix-huit espèces fongiques analysées dont l ADN a été extrait à partir de souches pures ont pu être identifiées par PCR-TGGE. Lorsque plusieurs souches d une même espèce ont été étudiées, aucune variabilité intraspécifique n a été mise en évidence, hormis pour Paecilomyces variotii. Certaines espèces présentant des profils de migration identiques ont pu être différenciées après modification des paramètres de la migration ou amplification de la région ITS2. La technique développée a été utilisée directement sur les expectorations de patients atteints de mucoviscidose, sans toutefois permettre l identification de toutes les espèces fongiques retrouvées lors de la culture. L optimisation de l étape d amplification, par le biais d une nested PCR, devrait permettre de détecter par TGGE les colonisations fongiques en s affranchissant des contraintes de la culture.


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